Em outubro de 1899, Oswaldo Cruz foi indicado pelo professor da Faculdade de Medicina do Rio de Janeiro Eduardo Chapot-Prévost ao ministro da Justiça e Negócios Interiores, Epitácio Pessoa, para integrar uma comissão médica que viajaria até o porto de Santos, no litoral paulista, com a missão de verificar se a mortandade de ratos que estava ocorrendo na região se relacionava a um surto de peste bubônica. A epidemia havia sido diagnosticada por Vital Brazil e Adolfo Lutz, respectivamente médico auxiliar e diretor do Instituto Bacteriológico de São Paulo. Tal diagnóstico suscitou questionamentos por parte da imprensa e de comerciantes locais, e causou polêmica entre os médicos da cidade.
Oswaldo chegou a Santos em 22 de outubro de 1899. Depois de cinco dias de trabalho quase ininterrupto, confirmou a ocorrência da epidemia. Nesse período, chegou a se contaminar acidentalmente pela peste, sem contrair a doença graças ao soro. Vital Brazil, no entanto, não teve a mesma sorte: adoeceu, mas Oswaldo cuidou do amigo.
Naquela época, o único tratamento disponível para a peste era a soroterapia e somente o Instituto Pasteur de Paris fabricava o soro e a vacina contra a doença. Diante disso, as autoridades sanitárias de São Paulo e do Distrito Federal decidiram criar seus próprios institutos soroterápicos. Na capital paulista, se estabeleceu um laboratório vinculado ao Instituto Bacteriológico e que mais tarde seria convertido no Instituto Butantã. Na capital da República, foi criado o Instituto Soroterápico Federal, popularmente conhecido como Instituto de Manguinhos. Para dirigi-lo, o governo indicou o barão de Pedro Afonso, proprietário do Instituto Vacínico Municipal.
O barão assumiu a direção do Soroterápico, e com um pequeno grupo, formado por Oswaldo Cruz, o médico Henrique Figueiredo de Vasconcelos e pelos estudantes Antônio Cardoso Fontes e Ezequiel Dias, as operações iniciaram no dia 25 de maio de 1900. Cinco meses depois, o governo recebia os cem primeiros frascos de vacina e soro antipestosos preparados pelo Instituto.
No ano seguinte, um posto municipal de vacinação antipestosa foi inaugurado na Policlínica de Botafogo. A instituição marcaria sua presença na vida de Oswaldo por mais outro motivo: foi ali que o sanitarista desenvolveu suas primeiras pesquisas sobre a febre amarela.