No mesmo ano em que Oswaldo Cruz prestou o exame para a Faculdade de Medicina do Rio de Janeiro, em 1886, seu pai, Bento Gonçalves Cruz, foi nomeado pelo imperador D. Pedro II membro da Junta Central de Higiene. Curiosamente, a progressão do pai no serviço público coincidiria exatamente com os anos em que Oswaldo frequentou o curso médico (1887-1892). Em 1890, já sob o regime republicano, Bento tornou-se ajudante do chefe da Inspetoria de Higiene, órgão que sucedera a Junta. Dois anos depois, chegou a inspetor-geral.
Bento exerceu a função por apenas alguns meses. O motivo de seu afastamento era a nefrite, grave doença renal que o levaria à morte, aos 47 anos, em 8 de novembro de 1892. Nesse mesmo dia, Oswaldo formou-se em medicina. Em homenagem ao pai, passou a assinar, tal como ele, apenas o sobrenome: Gonçalves Cruz.
De Bento, Oswaldo herdou o interesse pela saúde pública. Adquiriu também o senso de disciplina e do dever; o valor do trabalho honesto e honrado. Depois da morte do pai, era comum vê-lo visitar o túmulo onde Bento repousava no cemitério São João Batista. Lá, depositava flores e parava para meditar.
Em 5 de janeiro de 1893, Oswaldo casou-se com Emília da Fonseca, sua namorada desde a adolescência. Miloca, como era chamada carinhosamente em família, era filha de Elisa da Cunha Fonseca com um rico comerciante português, o comendador Manuel José da Fonseca.
Manuel, ou Fonsecote, como era conhecido, a princípio não aprovou o casamento, mas a desconfiança não duraria muito tempo. Logo ele se afeiçoou ao genro – no que foi plenamente correspondido. Como presente de núpcias, Oswaldo ganhou do sogro um laboratório completo de microbiologia que mandou construir no térreo de sua nova casa na rua Jardim Botânico, onde passou a residir com Emília. Alguns anos depois, quando manifestou o desejo de realizar uma temporada de estudos no Instituto Pasteur de Paris, a ajuda do sogro seria mais uma vez providencial: Manuel decidiu financiar a viagem.
Oswaldo morou com a família em Paris, de maio de 1897 a agosto de 1899. Sua casa ficava no número 26 da rua Marbeuf, uma transversal da famosa avenida Champs-Elysées. O cientista aproveitou a estada na capital francesa para cultivar uma de suas maiores paixões: o teatro, onde então brilhava a estrela de Sarah Bernhardt. Data também dessa época o início de seu amor pela fotografia, um passatempo que o acompanhará pelo resto da vida e que lhe dará até um apelido: “Dr. Fotógrafo”.
De volta ao Rio de Janeiro, Oswaldo instalou-se, a princípio, na casa do sogro no bairro do Vidigal, e em seguida na rua Voluntários da Pátria, 128, em Botafogo. Em fevereiro de 1907, mudou-se novamente com a família para uma ampla residência na praia de Botafogo, número 406. Esta casa foi projetada pelo arquiteto Luiz Moraes Júnior, o mesmo das edificações do Instituto Oswaldo Cruz. Ali, Oswaldo montou um pequeno laboratório para dar vazão a sua atividade como fotógrafo amador.
Oswaldo Cruz e Emília tiveram seis filhos: Elisa, Bento, Hercília, Oswaldo, Zahra – falecida ainda bebê – e Walter. Os três homens seguiram a trajetória do pai e cursaram medicina. Oswaldo e Walter irão inclusive trabalhar no Instituto Oswaldo Cruz. Bento, o mais velho, não exercerá a profissão.