Inaugurado em 14 de novembro de 1888, o Instituto Pasteur de Paris foi criado por meio de uma subscrição internacional da qual participou, com vultosa contribuição em dinheiro, o imperador D. Pedro II. Deve sua existência, em grande parte, à repercussão mundial do desenvolvimento da vacina contra a raiva por Pasteur e seus colaboradores.
O Instituto foi fundado com dois objetivos principais: garantir o fornecimento da vacina antirrábica e do soro antidiftérico para as colônias europeias na África e na Ásia e dar continuidade aos estudos pasteurianos sobre as doenças infecciosas. No correr dos anos, entretanto, ele faria muito mais.
Oswaldo Cruz foi o primeiro brasileiro a estudar no Instituto. Antes dele, Augusto Ferreira dos Santos, professor de química mineral da Faculdade de Medicina do Rio de Janeiro, havia estado em Paris para aprender com o grupo comandado por Pasteur as etapas de produção da vacina contra a raiva. Isso foi em 1886. Após regressar ao Brasil, Ferreira dos Santos organizou e tornou-se o primeiro diretor do Instituto Pasteur do Rio de Janeiro. Inaugurado em fevereiro de 1888, começou a funcionar nove meses antes de seu homônimo francês.
Oswaldo Cruz frequentou o Instituto Pasteur de Paris ainda sob o boom das recentes descobertas sobre o caráter patogênico dos microrganismos. Além disso, a soroterapia, embalada pelo desenvolvimento dos soros antidiftérico e antipestoso em 1894, parecia oferecer perspectivas ilimitadas para o tratamento das doenças infecciosas.
Oswaldo estabeleceu com alguns dos cientistas do Instituto, principalmente com Émile Roux e Ilya Metchnikoff, uma profícua relação não só de amizade, mas também profissional, da qual resultaria uma produtiva troca de correspondências sobre as técnicas de fabricação de soros e vacinas. Essa colaboração permitiria a vinda de uma missão francesa ao Brasil, em 1901, para investigar os mecanismos de transmissão da febre amarela, na época um dos principais flagelos sanitários do país.
Com filiais em dezenas de países, o Instituto Pasteur espalhou-se pelo mundo. Seu programa inicial de pesquisas veio sendo continuamente ampliado, o que fez com que o Instituto estendesse seu raio de atuação para diferentes áreas do conhecimento, como, por exemplo, a imunologia, a biologia molecular e a medicina tropical. Além da raiva e da difteria, seus pesquisadores deixaram notáveis contribuições para a prevenção e tratamento de doenças como a peste, o tétano, o tifo, a febre amarela, a tuberculose, a poliomielite e, mais recentemente, a hepatite B e a Aids.
Ao longo de mais de 120 anos de existência, passaram pelo Pasteur alguns dos cientistas mais renomados em suas especialidades, entre eles dez ganhadores do Prêmio Nobel. Só entre os contemporâneos de Oswaldo Cruz podem ser citados, entre outros, Émile Roux, um dos criadores do soro antidiftérico; Alexandre Yersin, que, ao lado de Shibasaburo Kitasato, identificou o bacilo da peste bubônica; Albert Calmette, um dos inventores, com Camille Guérin, da vacina para a tuberculose (BCG), e Ilya Metchnikoff, o descobridor da fagocitose.
Com todo esse know-how, não causa espanto que o Instituto Pasteur seja, ainda hoje, um dos principais centros de pesquisa no mundo dedicado às ciências biomédicas.