Desde o início das atividades do Instituto Soroterápico Federal, uma das principais preocupações de Oswaldo Cruz foi com a formação e o treinamento de sua equipe de pesquisadores. Oswaldo era o único que havia se especializado no exterior, no Instituto Pasteur de Paris, e que possuía alguma experiência no campo da microbiologia. Natural, portanto, que naqueles primeiros anos tenha ele próprio assumido a tarefa de instruí-los nos diversos afazeres da atividade experimental.
Depois, com a entrada de Henrique da Rocha Lima em 1903, a prática se expandiu. Pesquisador experiente, com especialização na Alemanha, Rocha Lima iniciou no Instituto os cursos de microbiologia, parasitologia, anatomia e histologia patológicas. No começo, as aulas eram dadas informalmente; porém, com a transformação do Soroterápico no Instituto Oswaldo Cruz, em 1908, o ensino foi oficializado com o nome de Curso de Aplicação.
Diferentemente do modelo adotado nas faculdades de medicina, as aulas ministradas tinham caráter predominantemente prático e experimental. Boa parte dos alunos era constituída por estudantes de medicina que procuravam o Instituto para desenvolver as suas teses de doutoramento. Outro grupo era formado por médicos já diplomados, mas que desejavam se especializar em microbiologia. Com o passar do tempo e o aumento do número de disciplinas, essa clientela se diversificou e passou a incluir também químicos, farmacêuticos e veterinários. Muitos estudantes vinham de outros estados e até de alguns países da América Latina.
Depois de formados, era comum os alunos ingressarem como voluntários nas linhas de pesquisa do próprio Instituto. Quando havia recursos disponíveis, alguns deles eram depois contratados por Oswaldo. Outros, ainda, eram recrutados para trabalhar nos serviços públicos de saúde federal ou estaduais.
O Curso de Aplicação foi a primeira experiência brasileira de pós-graduação. O Instituto foi pioneiro no ensino da microbiologia pasteuriana associada à medicina tropical e, ao combinar formação teórica e pesquisa nos laboratórios, inaugurou um novo modelo de educação no país.