No inverno de 1904, uma violenta epidemia de varíola se abateu sobre a cidade do Rio de Janeiro. Somente naquele ano, cerca de 3.500 pessoas morreriam na capital federal vitimadas pela doença. Das atividades de combate a doenças que Oswaldo Cruz comandou como diretor de Saúde Pública, a mais difícil e polêmica foi a campanha contra a varíola.
Desde o século XVIII, já se conhecia um modo de prevenir o mal. Era a vacina desenvolvida pelo médico inglês Edward Jenner. No Brasil, a vacinação era obrigatória desde o século XIX, mas a medida nunca fora efetivamente cumprida.
Em razão disso, Oswaldo Cruz propôs que o governo encaminhasse ao Congresso Nacional um projeto de lei ratificando a obrigatoriedade da vacinação em todo o país. A proposta concedia amplos poderes às autoridades sanitárias, incluindo a aplicação de multas aos refratários e a exigência de atestados de vacinação para matrícula nas escolas, para ingresso no serviço público e até para a realização de casamentos e viagens.
Chamado pelo povo de “Código de Torturas”, o projeto provocou a ira da oposição. No Congresso e na imprensa, os debates pegaram fogo. Oficiais do Exército, monarquistas, operários, adeptos do positivismo, estudantes, jornalistas e até médicos: havia adversários da vacinação em praticamente todos os setores da sociedade. Era previsível que criassem até um movimento – a Liga contra a Vacina Obrigatória.
Oswaldo e os defensores da vacina sustentavam que ela havia sido adotada com sucesso em diversos países da Europa. Para seus detratores, no entanto, a obrigatoriedade era uma clara violação da liberdade individual, e muitos acreditavam que a própria vacina ajudava a propagar a doença. Havia também um aspecto moral a ser considerado: como os chefes de família poderiam permitir que suas mulheres fossem obrigadas a desnudar braços e coxas para receber a inoculação?
Apesar de toda a divergência que gerou, em 31 de outubro de 1904 a lei da vacinação obrigatória foi aprovada pelo Congresso. A essa altura os ânimos já estavam mais do que exaltados. A regulamentação da lei nove dias depois acendeu o estopim que faltava: no dia 10 de novembro tinha início a Revolta da Vacina.
Durante uma semana, milhares de pessoas saíram às ruas do Rio de Janeiro para protestar. O comércio fechou as portas em várias localidades; o transporte público entrou em colapso. Em meio à rebelião, uma insurreição militar tentou depor o presidente Francisco de Paula Rodrigues Alves. O desfile de 15 de novembro teve de ser cancelado. Com o apoio de tropas do Exército, Rodrigues Alves resistiu ao ataque e se negou a demitir Oswaldo Cruz, principal alvo das manifestações. A decretação do estado de sítio no dia 16 permitiu ao governo recuperar o controle da situação.
O levante foi sufocado com grande violência, deixando um saldo de trinta mortos, 110 feridos e 945 prisioneiros. Quase a metade dos detidos foi mandada para o Acre, onde muitos foram submetidos a trabalhos forçados. Embora vitorioso, Rodrigues Alves foi obrigado a ceder em pelo menos um ponto: anunciou o fim da vacinação obrigatória.
Em 1906, o número de mortes por varíola no Rio havia caído para apenas nove. Contudo, dois anos depois, uma nova e violenta epidemia elevou o número de óbitos para mais de 6.500 casos. A revogação da obrigatoriedade cobrava o seu preço.