Durante o período dessas viagens, Oswaldo Cruz se correspondeu intensamente com a esposa, e também com colegas do Instituto Soroterápico Federal e da Diretoria Geral de Saúde Pública, além das autoridades sanitárias das localidades que visitaria, e com o ministro da Justiça e Negócios Interiores, J. J. Seabra.
De toda essa correspondência foram selecionados trechos que traduzem impressões e comentários sobre uma realidade social e econômica ainda desconhecida dos brasileiros e que se revela sob sua ótica em flagrante contraste com a civilização dos centros urbanos.
Na expedição aos portos do norte e nordeste, a correspondência com a esposa cessa em São Luiz. É provável que Oswaldo Cruz tenha continuado a escrever, mas estes documentos não constam em seu arquivo pessoal. A série termina com um telegrama enviado de Belém (PA) ao então Ministro do Interior, J. J. Seabra, informando sobre o final da primeira parte da expedição, concluída no porto de Manaus (AM). Sobre as visitas a alguns dos portos do sul, tais como Itajaí e Florianópolis, em Santa Catarina, não foram encontrados comentários ou descrições.
A expedição foi dividida em duas etapas. Na primeira, que se estendeu desde o dia 28 de setembro até o dia 6 de dezembro, à bordo do rebocador República, foram visitados 22 portos: Vitória, no Espírito Santo; Caravelas, Santa Cruz, Porto Seguro e Salvador, na Bahia; Aracaju, em Sergipe; Penedo e Maceió, em Alagoas; Tamandaré e Recife, em Pernambuco; Cabedelo e João Pessoa, na Paraíba; Natal, Areia Branca e Macau, no Rio Grande do Norte; Camocim e Fortaleza, no Ceará; Amarração, no Piauí; São Luiz, no Maranhão; Belém, Óbidos e Santarém, no Pará, e finalmente Manaus, no Amazonas.
A segunda viagem, iniciada em 17 de janeiro do 1906, foi dedicada aos portos do Sul. A bordo do paquete Santos, Oswaldo visitou Santos (SP), Paranaguá (PR), São Francisco (SC) e Rio Grande (RS). Estendeu a viagem até as capitais do Uruguai, da Argentina e do Paraguai e, em seguida, a Corumbá (MT). Em 28 de fevereiro, depois de passar novamente por Buenos Aires e Assunção, retornou ao Rio de Janeiro.
Todas as correspondências integram o Fundo Oswaldo Cruz, série Correspondências, subséries:
Pessoal: Expedição aos portos marítimos e fluviais do Brasil pela DGSP
Político-Administrativa: Correspondência da Diretoria Geral de Saúde Pública